Linux: Είναι γνωστό. Οι σούπερ υπολογιστές τρέχουν με το συγκεκριμένο λειτουργικό σύστημα. Στο τελευταίο διαγωνισμό Supercomputer του Top500, ο οποίος πραγματοποιήθηκε τον Ιούνιο του 2017, 498 από τους 500 υπερυπολογιστές λειτουργούσαν Linux. Οι υπόλοιποι δύο, χρησιμοποιούσαν σαν λειτουργικό το Unix.
Αυτοί ήταν δύο Κινέζικοι υπολογιστές IBM POWER που τρέχουν AIX και βρίσκονται στο κάτω μέρος της λίστας. Τα μηχανήματα βρέθηκαν στις θέσεις 493 και 494, ενώ από το Top500 που πραγματοποιήθηκε το Νοέμβριο του 2016, αυτοί οι υπερυπολογιστές έπεσαν πάνω από 100 θέσεις.





